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2006年9月5日下午三时，“教育部、卫生部共建北京协和医学院（清华大学 医学部）大会暨揭牌仪式”在北京人民大会堂隆重举行。原人大常委会副委员长吴阶平，教育部部长周济，卫生部部长高强，中共北京市委常委、市委教育工委书记朱善璐出席大会并讲话。大会由卫生部蒋作君副部长主持。清华大学校长顾秉林、党委书记陈希，中国协和医科大学校长刘德培、党委书记刘谦出席了大会。
根据党中央关于建设若干所世界一流大学的精神以及国务院关于进一步加强教育和科技体制改革的要求，教育部、卫生部经过认真调查研究，于2002年9月签署协议，支持清华大学和中国协和医科大学实行紧密合作。此后，教育部、卫生部领导多次到清华大学和中国协和医科大学进行调研，广泛听取各方面意见，一致认为，积极推进两校合作办学是实现清华大学与中国协和医科大学共同发展，创建世界一流大学和世界一流医学院的有效途径。清华大学和中国协和医科大学经过充分沟通和友好协商，一致认为，按照教育部、卫生部协议的原则和精神，两校应全力以赴，认真落实和积极推进合作共建，并正式签署了《清华大学和中国协和医科大学关于落实两部协议的实施意见》（以下简称《实施意见》）。
根据上述《实施意见》：（1）中国协和医科大学更名为“北京协和医学院（清华大学医学部）”，英文名称为“Peking Union Medical College，Tsinghua University”，接受教育部、卫生部双重领导，其原有的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制保持不变。北京协和医学院（清华大学医学部）仍为独立法人，对人事、财务和资产行使独立法人权利及承担独立法人责任。（2）在卫生部、教育部的共同支持下，发挥清华大学多学科综合优势，优化整合医学教育资源，根据充分酝酿、积极准备、稳健推进的原则，将原中国协和医科大学和原清华大学医学院逐步整合成为一个一流的医学院，清华大学不再另办医学院。（3）北京协和医学院（清华大学医学部）的学科建设由清华大学纳入“211工程”和“985工程”等国家重点建设工程的整体规划及其他相关计划之中，在政策和投入等方面给予重点支持。（4）北京协和医学院（清华大学医学部）和清华大学共同制订临床医学专业的学生和研究生招生培养计划，临床医学专业的学生和研究生具有“北京协和医学院（清华大学医学部）”和“清华大学”两校学籍。学籍管理和日常管理根据教学需要分阶段在不同校区执行，将责任落实到校区。临床医学专业的学生和研究生毕业证书和学位证书盖“清华大学”和“北京协和医学院”两个公章。（5）清华大学和北京协和医学院（清华大学医学部）成立专门工作班子，共同负责《实施意见》的具体操作，分步加以实施。北京协和医学院（清华大学医学部）将有关医学院统计数据报卫生部，各项办学指标由清华大学统计汇总报教育部。
周济部长、高强部长和朱善璐书记分别代表教育部、卫生部和北京市委教育工委发表讲话，对北京协和医学院（清华大学医学部）的正式揭牌表示祝贺，并指出，清华大学与中国协和医科大学紧密合作办学，掀开了我国高等医学教育改革发展史上的新篇章，具有重大而深远的意义。两校的紧密合作办学，有利于实现两校的优势互补、资源共享，有利于学科专业、师资队伍、科研条件等教育资源的整合与利用，有利于加强学科建设和人才队伍建设，提高综合实力和竞争力，有利于创建世界一流大学和世界一流医学院。他们在讲话中，还对两校间的紧密合作办学提出了希望和要求：两校要进一步加强组织领导，加强团结协作，坚持创新和发展的思维，稳步推进北京协和医学院（清华大学医学部）的办学工作，积极推动世界一流大学和世界一流医学院的建设。
清华大学校长顾秉林、中国协和医科大学校长刘德培分别代表两校致辞，感谢教育部、卫生部和北京市领导长期以来对两校的关心与指导，表示两校将密切加强合作，为创建世界一流大学和世界一流医学院的目标而不懈努力。
出席今天大会的还有北京市教委、市科委、市卫生局、军事医学科学院、解放军总医院、北京大学医学部、北京中医药大学、首都医科大学等有关医疗单位，教育部、卫生部各有关司局的领导、来宾，以及清华大学和中国协和医科大学的师生代表共400余人出席了揭牌仪式。
大会结束后，在中国协和医科大学校园内举行了“北京协和医学院”、“清华大学医学部”挂牌仪式。挂牌仪式由教育部直属高校司高文兵司长主持，中国协和医科大学党委书记刘谦、清华大学党委书记陈希分别致辞，随即两校领导为悬挂于校门口的新校牌揭彩。
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